1904年德国微生物学家Lorenz Hihner提出了根际概念，他将根际定义为根系周围受根系生长影响的土体。根据碳同位素示踪研究，禾谷类作物一生中，约30％～60％的光和同化产物转移到地下部，其中40％～90％以有机和无机分泌物形式释放到根际。根际微生物是受植物影响最大的土壤微生物群体。目前关于转基因植物对植物和动物的影响有许多研究，但对土壤微生物群体的影响却研究较少，对土壤生态系统，最令人担忧的后果是转基因植物可能激发或抑制非目标微生物种类，使土壤微生物群体结构发生变化，最终导致生态系统功能的改变。有研究发现转基因烟草减少了根际放线菌丰度，转基因桉树使甲基杆菌消失，Bt转基因玉米使根际微生物群体的功能发生了变化。