群体遗传学AI模型在我国弯曲杆菌感染散发病例归因中的初探与应用
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国家食品安全风险评估中心

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国自然青年基金(32202185);国家食品安全风险评估中心高层次人才队伍建设项目


Preliminary investigation and application of population genetics model asymmetric island model and its applications
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China National Center for Food Safety Risk Assessment

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    目的 探索群体遗传学模型在食源性疾病归因分析中的应用,定量识别导致我国弯曲杆菌感染散发病例的主要来源。 方法 利用PubMLST公共数据库获得我国大陆地区弯曲杆菌MLST(Multilocus Sequence Typing)数据,采用群体遗传学AI模型(Asymmetric island model,AIM)对弯曲杆菌病例进行归因分析。结果 弯曲杆菌感染散发病例归因于鸡的贡献比例最高,为50.49%,其次为鸭鹅、牛和猪,分别为22.56%、18.36%和4.52%,归因于环境和野生鸟类的贡献比例较低,分别为0.78%和0.66%。结论 本研究采用AIM方法,实现了结合微生物分子分型数据和统计学建模的归因方法在我国食源性疾病中的实践应用,定量获得不同来源对我国弯曲杆菌感染散发病例的贡献,并为下阶段归因工作提供了方向和思路。

    Abstract:

    Objective This study explored the application of population genetics model in determining the main sources leading to sporadic cases of human campylobacter infection. Method Assigning campylobacter sporadic cases to various sources using MLST data from PubMLST public database and the population genetics model AIM (asymmetric island model). Results As a result of sporadic cases of campylobacter infection, chickens (50.49%) accounted for the highest percentage, followed by ducks and geese, cattle and pigs (22.56%, 18.36% and 4.52%, respectively), whereas the environment and wild birds accounted for a lower percentage (0.78% and 0.66%, respectively). Conclusion Based on microbial molecular typing data and statistical modelling, this study quantitatively assessed the contribution of different sources to sporadic cases of campylobacter infections in mainland China, using the AIM method for source attribution practice. It provided directions and ideas for the next stage of source attribution for foodborne diseases.

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  • 收稿日期:2023-10-23
  • 最后修改日期:2024-04-02
  • 录用日期:2024-04-03
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